영농조합법인, 농업회사법인을 지원하기 위하여 조세특례제한법은 세제혜택을 규정하고 있습니다.
이번 포스팅에서는 조세특례제한법 제66조, 제68조의 세제혜택, 사후관리, 해석상 문제 대하여 알아보도록 하겠습니다.
1. 대상
(1) 영농조합법인과 소득세 면제 등의 혜택을 받으려는 자
(2) 농업회사법인과 소득세 면제 등의 혜택을 받으려는 자
2. 영농조합 법인과 그 조합원에 대한 세제혜택
(2-1) 영농조합법인
| 소득의 구분 | 혜택내용 |
| 식량작물재배업에서 발생한 소득 | 법인세 면제 |
| 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생한 소득 | 조합원 수 X 6억원에 해당하는 소득면제 |
| 작물재배업 외에서 발생한 소득 | 조합원 수 X 1200만원에 해당하는 소득면제 |
(2-2) 영농조합법인의 소득세 면제 등의 혜택을 받으려는 자
| 소득의 구분 | 혜택내용 |
| 식량작물재배업 소득에서 발생한 배당소득 | 배당소득의 소득세 면제 |
| 식량작물재배업 외의 작물재배업 소득에서 발생한 배당소득 | 소득면제되는 배당소득의 소득세 면제 |
(2-3) 농업인의 현물출자
| 현물출자 | 혜택내용 |
| 농업인의 농지, 초지 현물출자 | 양도소득세 100% 감면 |
| 농업인의 농지, 초지 농업 등에 직접 사용되는 부동산 현물출자 | 양도소득세 이월과세 |
3. 농업회사 법인과 그 주주에 대한 세제혜택
(3-1) 농업회사법인
| 소득의 구분 | 혜택내용 |
| 식량작물재배업에서 발생한 소득 | 법인세 면제 |
| 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생한 소득 | 수입금액 50억원에 해당하는 소득금액 면제 |
| 작물재배업 외에서 발생한 소득 | *1) 의 업종에 해당하는 소득에 대하여 5년간 50% 감면 |
*1) 축산업, 임업, 농업회사법인의 시행령에서 정하는 부대사업, 농산물 유통·가공·판매·농작업 대행에서 발생하는 소득
(3-2) 농업회사법인의 소득세 면제 등의 혜택을 받으려는 자
| 소득의 구분 | 혜택내용 |
| 식량작물재배업 소득에서 발생한 배당소득 | 배당소득의 소득세 면제 |
| 식량작물재배업 외의 작물재배업 소득에서 발생한 배당소득 | 배당소득에 대하여 분리과세 |
(3-3) 농업인의 현물출자
| 현물출자 | 혜택내용 |
| 농업인의 농지, 초지 현물출자 | 양도소득세 100% 감면 |
| 농업인의 농지, 초지 농업 등에 직접 사용되는 부동산 현물출자 | 양도소득세 이월과세 |
4. 영농조합법인 및 조합원의 면제 등의 절차
(4-1) 영농조합법인 법인세 받으려는 경우에는 과세표준신고와 함께 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 농어업경영체 등록확인서를 관할 세무서장에게 제출하여야 합니다.
(4-2) 영농조합법인의 소득세 면제 등의 혜택을 받으려는 자가 배당소득에 대한 면제를 받으려는 경우에는 배당소득을 지급받는 때에 세액면제신청서를 영농조합법인에 제출하여야 합니다. 이 경우 영농조합법인은 배당금을 지급한 날이 속하는 달의 다음 달 말일까지 세액면제신청서와 해당 영농조합법인의 농업경영체 등록확인서를 관할 세무서장에게 제출하여야 합니다.
(4-3) 양도소득세를 감면받거나 이월과세를 적용받고자 하는 경우에는 과세표준신고와 함께 세액감면신청서 또는 이월과세적용신청서를 영농조합법인의 농어업경영체 등록확인서와 현물출자계약서 사본을 첨부하여 관할 세무서장에게 제출하여야 하며 이 경우 이월과세적용신청서는 영농조합법인과 함께 제출하여야 합니다.
5. 농업회사법인 및 주주의 면제 등의 절차
(5-1) 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 관할 세무서장에게 제출하여야 하며 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 합니다.
(5-2) 농업회사법인의 소득세 면제 등의 혜택을 받으려는 자가 배당소득에 대한 면제를 받으려는 경우에는 배당소득을 지급받는 때에 세액면제신청서를 농업회사법인에 제출하여야 합니다. 이 경우 농업회사법인은 배당금을 지급한 날이 속하는 달의 다음 달 말일까지 세액면제신청서와 해당 영농조합법인의 농업경영체 등록확인서를 관할 세무서장에게 제출하여야 합니다.
6. 사후관리
(6-1) 농지 및 초지의 현물출자의 경우
위 2.(2-3), 3.(3-3)의 내용에 따라 양도소득세를 감면받은 자가 그 출자지분을 출자일로부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 감면받은 양도소득세를 양도일의 속하는 과세연도의 과세표준을 신고할 때 양도소득세(이자상당액 포함)로 납부하여야 합니다.
(6-2) 농업인의 농지, 초지 농업 등에 직접 사용되는 부동산 현물출자
위 2.(2-3), 3.(3-3)의 내용에 따라 양도소득세를 이월과세를 신청한자가 현물출자로 취득한 주식을 출자일로부터 3년 이내 50% 이상을 처분하는 경우 처분일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 이월과세액을 양도소득세(이자상당액 포함)로 납부하여야 합니다.
7. 해석상 문제
양도소득세 이월과세되는 부분에 대하여 농지 및 초지의 현물출자 금액 중 감면을 받지 못하는 부분은 이월과세가 적용될 수 있는지 여부입니다.
조세특례제한법 제66조 ~ 제68조의 개정연혁을 보면 농지 및 초지에 대하여 현물출자하는 경우 양도소득세 면제(감면의 경우 한도 존재)였으므로 이월과세가 필요 없었고, 농지 등을 제외한 부동산을 현물출자로 규정한 것으로 보입니다.
2015년 양도소득세 면제가 감면으로 개정되면서 1년간 1억 원, 5년간 2억 원의 한도 규정이 들어왔습니다.
한도 규정에 따라 현물출자하는 농지 등에 대하여는 전액 감면을 받지 못하는 상황에 있어서 감면 및 이월과세 규정은 아래와 같습니다(조특법 제68조는 제66조 준용)
| 조세특례제한법 제 66조 ④ 대통령령으로 정하는 농업인이 2023년 12월 31일 이전에 농지 또는 「초지법」 제5조에 따른 초지조성허가를 받은 초지(이하 “초지”라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득(현물출자와 관련하여 영농조합법인이 인수한 채무가액에 상당하는 대통령령으로 정하는 소득은 제외한다)에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 농지 또는 초지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지 및 제70조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 또는 초지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. ⑦ 대통령령으로 정하는 농업인이 2023년 12월 31일 이전에 영농조합법인에 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호에 따른 농작물재배업ㆍ축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. |
위 ⑦항을 해석하여보면 농지 및 초지를 제외하는 것인지 ④항에 따라 감면받은 농지 및 초지를 제외하는 것인지 해석의 문제가 발생합니다.
필자의 의견으로는 해당 조문의 개정연혁, 취지를 고려하여 볼 때 농지 및 초지에 대하여 감면받은 부분에 대하여만 이월과세를 제외하는 것이 맞다고 판단되나, 2020구합 5359의 판례를 보면 농지 및 초지에 대하여는 이월과세를 적용 배제하고 있어 여전히 해석의 문제가 발생하는 부분이라 생각합니다.
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